Nguồn truyền nhiễm bệnh viện chủ yếu là là từ môi trường bên ngoài thông qua các dụng cụ y tế bị nhiễm trùng, quần áo, chăn màn của bệnh nhân, người nhà bệnh nhân, nhân viên y tế.
Rất nhiều vi khuẩn gây ra nhiễm trùng bệnh viện, gặp nhiều nhất là vi khuẩn hiếu khí gram âm, tụ cầu, liên cầu. Trực khuẩn Ecoli và các Preteus gây ra nhiều bệnh.
Chiếm tỷ lệ cao nhất trong nhiễm trùng bệnh viện là sau các trường hợp phẫu thuật can thiệp y khoa như tiêm truyền, chọc, nội soi,..vết mổ
Cơ quan bị nhiễm nhiều nhất: đường tiết niệu rồi đến vị trí như vết mổ, hệ hô hấp, ngoài da, nhiễm trùng huyết.
Ecoli , Klebsiella thường tìm thấy trong nhiễm khuẩn bệnh viện ở bệnh nhân mà cơ chế bảo vẹ suy giảm. Chúng có nhu cầu dinh dưỡng tối thiểu nên có thể sống, sinh sản, gây bệnh cho con người trong môi trường bệnh viện. Dần dần kháng kháng sinh: penicillin, cephalosporin,..
Gần đây người ta đề cập nhiều đến vấn đề khả năng nhiễm trùng bệnh viện được gây ra bởi trực khuẩn lao, virus HIV, HBV,..và nhiều loại nấm. Bệnh nhân, người nhà và nhân viên y tế là đối tượng có nguy cơ nhiễm cao.
Nhiễm trùng bệnh viện có thể xâm nhập vaò cơ thể theo tất cả con đường, qua da, qua tiêm, qua vết xước,